亚洲水蜥蜴趴在橡胶轮胎上休息
幼蜥
幼年蜥蜴
水蜥蜴会使用尾巴、爪子和下颚来自卫。它们擅长游泳，使用尾巴上的凸起的鳍在水中控制方向。当遇到较小的猎物时，水蜥蜴会用下颚制服猎物，然后猛烈地摇动脖子，破坏猎物的器官和脊椎，使其死亡或失去行动能力。然后蜥蜴会整个吞下猎物。
在以水为主的栖息地中，它们的半水生行为被认为可以提供一定程度的避免被捕食的安全性。结合它们的杂食性，这被认为有助于它们的生态适应能力。 当受到捕食者（如眼镜蛇（Ophiophagus hannah））的追逐时，它们会利用强大的腿部和爪子爬上树。如果这种躲避不足以逃离危险，它们还会从树上跳到水中以保护自己，这是一种类似于绿鬣蜥（Iguana iguana）的策略。[3]
和科莫多龙一样，水蜥蜴经常会吃腐肉。[4][5] 它们具有敏锐的嗅觉，可以从很远的地方闻到尸体的气味，曾经观测到它们进食人的尸体。虽然它们的存在可以在法医调查中帮助找到失踪人员，但它们可能会对尸体造成进一步的伤害，使死因的确定变得更加复杂。[6]
关于水蜥蜴及其行为的第一个英文文献描述可以追溯到1681年，由罗伯特·诺克斯在他长时间在康提王国被囚禁期间进行观察所做：“这里有一种叫做Kobberaguion的生物，类似于短吻鳄。最大的可能有五到六英尺长，有黑白相间的斑点。它主要生活在陆地上，但会下水并潜入水中：有一条长长的蓝色叉状舌头，像一根刺，它会伸出舌头，发出嘶嘶声，但不会咬或刺伤人，尽管它的外表可能会吓到不了解它是什么的人。它不怕人，但会张开嘴在路上嘶嘶叫，几乎不会离开。它会和狗和豺狼一起吃腐肉，它们不会被吓走，但如果它们靠近吠叫或咬它，用它长长的尾巴像鞭子一样抽打它们，它们会逃跑并嚎叫。”[7]
水蜥蜴在受到威胁时倾向于攻击人类，应该小心处理。水蜥蜴的咬伤可能会造成严重的伤害。